3. Sezon

Tigh, Tyrol ve Anders, Yeni Kaprika'da direnişi yöneterek Silonlara karşı giderek daha ölümcül saldırılara öncülük eder. Kara, Leoben Conoy ile yeni bir hayatın içinde sıkışıp kalmış bulur ve Duck ölümcül bir karar verir. Bu sırada Galactica'da Adama, Yeni Kaprika'ya dönüp bir kurtarma girişiminde bulunup bulunmama sorunuyla boğuşur.

Adama, New Caprica'ya dönüp Galactica ve Direniş arasında irtibat sağlaması için sürpriz bir kişiyi teslim etmeyi planlar. Tigh'ın intihar bombacılarının kullanılması ve giderek artan şiddet konusundaki ısrarı, direnişin diğer liderlerini bile sarsar. Sonunda intihar saldırıları, Cylon işgalcilerinin insan tebaalarına baskı yapmasına neden olur.

Sharon, New Caprica'da Direniş'e yardım ederken Adama, tehlikeli bir kurtarma operasyonunda Galactica'yı yönetiyor. Tyrol, infaz mangasından Cally'yi kurtarmak için zamana karşı yarışıyor. Bu sırada Anders, insanlar arasındaki ihaneti ortaya çıkarıyor. Üç Numara, tapınakla ilgili garip rüyalar gördükten sonra Kahin Selloi ile tanışıyor.

Tigh, karısı Ellen'ın Cylon'lara yaptığı yardımın ardından onun kaderini belirlemek zorundadır. Lee, sivil filoyu Dünya'ya doğru yolculuğunda koruma göreviyle boğuşurken Adama, sadece Galactica ile Yeni Caprica'ya döner. Direniş, Galactica'nın gelişiyle eş zamanlı olarak Cylon'lara bir saldırı düzenler. Cylon'lar kontrolü kaybetmeye başladığında, Üç Numaralı, Yeni Caprican deneyine kesin bir son vermeye yemin eder.

Tyrol, Galactica'da gizli bir mahkeme olan Çember'e katılır. Bu mahkeme, İşgal sırasında Silonlar'la işbirliği yapmakla suçlanan kişileri gıyaplarında yargılayıp mahkum eder. Roslin ve Adama'nın bilgisi olmadan uygulanan idam cezaları Tyrol'un vicdanını sıkıştırmaya başlar. Baltar, Silonlar arasında benzer bir jüriyle karşı karşıyadır. Jüri, onların yanında kalmasına izin verilip verilmeyeceğine karar verecektir.

Kalan öfke duyguları, Saul Tigh ve Kara Thrace'in, Galactica'da, Yeni Caprica'dan gelen hayatta kalanlar ile İşgal sırasında filoda kalanlar arasında sorunlara yol açmasına neden olur. Baltar, hayatta kalma çabasıyla Cylon'lara yardım eder ve Cylon uygarlığı hakkında ayrıntılar ortaya çıkarır. Bir Cylon ana gemisi gizemli bir hastalığa kurban gider.

Apollo, Cylon kültürünün varlığını tehdit eden bir plan oluşturur. Adama ve Roslin, Cylons'lara karşı biyolojik bir silah kullanma planını uygulayıp uygulamama kararı vermek zorundadır. D'Anna Biers (Üç Numaralı), Baltar'ın Cylon gemisini enfekte eden ve devre dışı bırakan virüsü kimin yarattığını bildiğine inanmaktadır. Gerçeği öğrenmek için aşırı önlemler almaya hazırdır.

Adama'nın geçmişinden bir figür, onu rahatsız etmek için geri döner. Dönüşü, Silonların On İki Koloni'ye karşı ilk saldırıyı neden başlattığına dair soruları gündeme getirir.

Adama, Galactica mürettebatının rahatlaması için bir boks turnuvası düzenler. Rekabetçi atmosfer Kara ve Lee arasında vahşi bir maçı tetikler. Yeni Caprica'dan flashbackler, anlaşmazlıklarının kökenini ve doğasını ortaya çıkarır.

Koloni filosu, gıda işleme makineleri kirlenince kıtlıkla karşı karşıya kalır. Kat, uzaydaki "Geçit"in başarısında veya başarısızlığında hayati bir rol oynar.

Tyrol, alg gezegeninde Beş Tapınağı'nı keşfeder. Tapınak, Dünya'nın yolunu göstereceğine inanılan Jüpiter'in Gözü'nü barındırıyor olabilir. Silonlar keşfe büyük ilgi gösterir. Athena, bebeği Hera'nın hâlâ hayatta olabileceğini öğrenir. Lee, Anders'ın yardımıyla Göz'ün korunması için sivil destek oluşturmaya çalışır. Kara ile olan ilişkisi işleri karmaşık hale getirir.

D'Anna/Number Three squares off against Adama over the Temple of the Five. Athena asks for Helo's aid in her plan to rescue Hera. On the algae planet, Apollo orders Dee to leave her defended position in order to save Kara. Anders helps Apollo to hold off the Cylon Centurion attack. Another copy of D'Anna finds the Temple and continues her search for the identities of the Final Five. Her messianic complex begins to concern the other Cylons.

Artık Galactica’da bulunan Baltar, vatana ihanet suçlamalarıyla karşı karşıya kalmıştır. Altı Numaralı’nın yardımıyla intiharı düşünür. Gerçek kimliği hâlâ sorgulanmaktadır: O bir Cylon mu, yoksa değil mi? Apollo, Galactica’daki yeni içki mekânı Joe’s Bar’ı Tyrol’a tanıtır. Apollo, Kara’yı düşünüp Dee ile evliliğinin kurtarılmaya değer olup olmadığını sorgular.

The Sagittarons allege that a doctor is discriminating against them. As Helo investigates, he becomes concerned that the doctor may even be murdering patients. Meanwhile, Athena unwittingly brings Hera to the doctor for treatment.

Başçavuş Tyrol ve eşi Cally, arızalı bir hava kilidinde mahsur kalır. Adama, evlilik yıldönümünü kutlarken rahmetli eşi Carolanne'ı anar. Başkan Roslin ile ilişkisi giderek daha dostane ve kişisel hale gelir.

Hararetli bir iş anlaşmazlığı sırasında Tyrol, hapisteki Baltar'dan tavsiye ister. Seelix, uçuş eğitimi için başvurusu reddedildikten sonra olaya dahil olur.

Kara continues to have dreams about Leoben Conoy and the mandala she painted at her old apartment on Caprica. While on patrol in her Viper, she encounters a Cylon Heavy Raider. When Tyrol cannot verify Kara's claim that the Cylon ship struck the Viper, Admiral Adama and Lee become concerned about her mental stability.

Baltar'ın temsilcileri suikast girişimleriyle karşılaşınca, Adama Lee'den Baltar'ın avukatını korumasını ister. Görevi üstlendikten sonra Lee, Baltar'ın savunmasında aktif bir rol oynamaya çalışır.

Baltar'ın duruşmadaki ifadesi filonun istikrarını tehdit ediyor. Lee, Baltar'ın savunmasında Romo Lampkin'e yardım ediyor. Filodaki bazı kişiler Baltar'ın kutsal olduğunu düşünmeye başlıyor. Bu inançları reddetmesine rağmen, Altı Numaralı takipçilerin onun gerçek doğası hakkında Baltar'ın kendisinden daha fazlasını bilebileceğini ima ediyor.

Baltar'ın davası sonuçlanırken, filodaki kilit isimler Son Beşliler olabileceklerini keşfederler. Tigh, kafasında duyduğu tuhaf müziği çözmeye çalışırken, bir Cylon filosu yaklaşmaktadır.