2. Sezon

Adama'nın devre dışı kaldığı bir durumda, Albay Tigh onun yerine Galactica'nın komutanı olur. Boomer hapiste ve sır ortaya çıktı - o bir Cylon.

Tigh, Galactica'yı ele geçirip filoyu yok etmekle tehdit eden bir Cylon çıkarma ekibini alt etmek için Lee ile çalışmak zorunda kalır.

Filoya demokrasi geri döner ve kısa süre sonra beraberinde sert politika ve potansiyel olarak ölümcül entrikalar gelir.

Tigh, sıkıyönetim ilan eder ve Lee, Başkan Roslin'i kurtarıp demokratik direnişi örgütlerken filoyu bölme tehdidinde bulunur.

Adama ve Roslin, filo nüfusunun kalpleri ve zihinleri için savaşırken, Starbuck kendini sözde bir direniş hastanesinde mahsur bulur.

İki bölümlük hikayenin ilk kısmında Başkan Roslin'in kırılgan koalisyonu test ediliyor. Roslin'in yanında yer alan Apollo, Zarek ve suç ortağı Meier ile bir çatışmaya girer.

Adama, Roslin'i bulmak için Kobol'a gider, filoyu yeniden toplar ve Dünya'ya götürdüğü iddia edilen "Athena'nın Mezarı"nı arayan başkanlık grubunu bulmak için bizzat Kobol'a iner. Apollo, Starbuck'la takılır, Zarek ise yardakçısını, Helo ile Tyrol arasında biriken gerginlikten habersiz olan Boomer'la entrika yapmaktan alıkoymaya çalışır.

Bir muhabir, savaş zamanında hayatın acı gerçeklerini kayıt altına almak için Galactica'ya gönderilir.

Sharon, Adama'ya Galactica'nın temel gemi işlevlerine müdahale eden ve zayıf noktaları tarayan bir bilgisayar virüsü tarafından enfekte edildiğini bildirir. Tüm bunlar, Cylon Akıncıları tarafından yapılacak büyük bir saldırının hazırlığıdır. Yani zaman daralırken, Komutan Adama kendini toparlamalı ve bir karar vermelidir: Sharon'a güvenebilir mi?

Cylon saldırısından sağ kurtulan tek savaş gemisi Battlestar Galactica değildi, Battlestar Pegasus da hayatta kaldı.

Galactica ve Pegasus muharebe yıldızları, yeni bir Silon hedefi olan bir 'Yeniden Dirilme' gemisiyle karşı karşıya kalırken, insan filosunda iktidar mücadelesi tam ölçekli bir savaşa yol açma tehdidi oluşturur.

Adama ve Cain arasındaki mücadele, iki Battlestar'ın Cylon Diriliş Gemisi'ne saldırmak için güçlerini birleştirmesiyle geçici olarak askıya alınır. Apollo önemli bir kararla karşı karşıya kalır ve Baltar, Cylon tutsağı Gina'ya ilgi duymaya başlar.

Başkan Roslin ölüme yaklaşırken, Dr. Gaius Baltar en kötü senaryoya hazırlanmalıdır. Roslin, Sharon'ın doğmamış çocuğunun öldürülmesini emreder. Sabote edilmiş bir Viper, Silonlarla barış arayan bir hareketi ortaya çıkaran bir soruşturmaya yol açar.

Pegasus' new commander Fisk is murdered by black marketeers, and Lee is charged with solving the crime. Roslin seeks to stamp out the black market by introducing new trade regulations.

Çılgın bir Cylon Savaşçısı, bir dizi vur-kaç saldırısıyla Colonial filosuna saldırır. Aşırı çalıştırılan Viper pilotları, "Scar" adını taktıkları bu Savaşçıya karşı bir madencilik operasyonunu savunmak zorunda kalır.

A woman takes hostages on Cloud Nine and demands that Adama turn over Sharon in order to avenge her husband's death at the hands of the Cylons.

Apollo, mürettebatı Pegasus'un yeni komutanının giderek istikrarsızlaşması sırasında kayıp bir Raptor ekibinin aranmasına yardımcı olur.

After Boomer's consciousness is downloaded into a new body following her death, she struggles with her new life on Cylon-occupied Caprica. Number Six is asked to help Boomer adjust to her new role in Cylon society.

Şef Tyrol, dehşet verici rüyalar tarafından rahatsız edilir ve bir rahipten yardım ister. Kara, Caprica'ya bir kurtarma görevi düzenler. Roslin ve Baltar, yaşanabilir bir gezegenin keşfiyle dramatik bir şekilde değişen bir başkanlık münazarasında karşı karşıya gelir.

Baltar oylamayı kazanınca, Roslin onun bir Cylon işbirlikçisi olduğuna inandığı için seçimleri çalmayı düşünür.